Đối với nội dung liên quan đến việc đề nghị xem xét giảm giá tính thuế tài nguyên thuộc chức năng quản lý nhà nước của Bộ Tài chính, Bộ Tài nguyên và Môi trường là cơ quan phối hợp.

Về cơ chế điều chỉnh, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, trong năm 2018, Bộ Tài nguyên và Môi trường xây dựng và trình Chính phủ xem xét, ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung để thay thế Nghị định số 203/2013/NĐ-CP ngày 28/11/2013 của Chính phủ quy định về phương pháp tính và mức thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản. Theo đó, quy định về điều chỉnh, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đã được đưa vào dự thảo Nghị định. Về kinh phí trích lại cho xác định tiền cấp quyền khai thác khoáng sản và kinh phí bảo vệ khoáng sản chưa khai thác: Tại khoản 1 Điều 14 Nghị định số 203/2013/NĐ-CP đã quy định: “Kinh phí chi cho nhiệm vụ tổ chức xác định tiền cấp quyền khai thác khoáng sản do ngân sách nhà nước đảm bảo và được bố trí trong phạm vi dự toán chi ngân sách giao cho cơ quan tài nguyên và môi trường theo phân cấp hiện hành quy định tại Luật Ngân sách nhà nước.”.

Về kinh phí bảo vệ khoáng sản chưa khai thác: tại Điều 20 Luật Khoáng sản năm 2010 quy định: “Nhà nước bảo đảm kinh phí cho công tác bảo vệ khoáng sản chưa khai thác. Kinh phí cho công tác bảo vệ khoáng sản chưa khai thác được bố trí trong dự toán ngân sách nhà nước hằng năm”. Như vậy, kinh phí cho nhiệm vụ xác định tiền cấp quyền khai thác khoáng sản và kinh phí bảo vệ khoáng sản chưa khai thác được bố trí trong dự toán ngân sách nhà nước theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước. Trong Nghị định số 158/2016/NĐ-CP của Chính phủ đã quy định trách nhiệm của Bộ Tài chính trong việc hướng dẫn việc lập dự toán chi ngân sách bảo vệ khoáng sản chưa khai thác.