Theo đó, ngoài bị xử phạt chính bằng tiền tối đa lên tới 02 tỷ đồng, các cơ sở xả lén, xả trộm ra ngoài môi trường gây ô nhiễm môi trường còn bị áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả như: Buộc thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường và báo cáo kết quả đã khắc phục xong hậu quả vi phạm theo quy định; Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện vi phạm hành chính; Buộc chi trả kinh phí trưng cầu giám định, kiểm định, đo đạc và phân tích mẫu môi trường. Như vậy, ngoài số tiền bị phạt chính, doanh nghiệp còn phải mất chi phí để khắc phục hậu quả vi phạm, mà các biện pháp này thậm chí còn có tính răn đe cao hơn, mức chi phí để khắc phục hậu quả lớn hơn và nếu xác định số lợi bất hợp pháp có được do hành vi xả thải lén lút thì số tiền doanh nghiệp phải trả cho hành vi này đã rất lớn. Bên cạnh đó, ngày 20/6/2017, Luật số 12/2017/QH14 - Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Bộ luật Hình sự số 100/2015/QH13 được ban hành, trong đó quy định chế tài nghiêm khắc đối với các tội phạm về môi trường, trong đó có việc tăng mức phạt tiền. Ví dụ, hành vi xả ra môi trường từ 500 m3 /ngày đối với nước thải có thông số nguy hại (xử lý hành chính từ 200 triệu đến 220 triệu đối với cá nhân, từ 400 triệu đến 440 triệu đối với tổ chức; trong khi đó xử lý hình sự từ 50 triệu đến 500 triệu đối với cá nhân, từ 3 tỷ đến 7 tỷ đối với tổ chức).

Trong thời gian qua, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã triển khai đồng bộ các biện pháp để tăng cường kiểm soát và xử lý nghiêm đối với hành vi xả chất thải trực tiếp ra môi trường. Đã trình Chính phủ ban hành Nghị định số 40/2019/NĐ-CP ngày 13/5/2019 về sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành Luật Bảo vệ môi trường, trong đó bổ sung nhiều nội dung mới liên quan đến trách nhiệm về bảo vệ môi trường của các cơ sở trong quá trình hoạt động sản xuất, kinh doanh; đã trình Chính phủ xem xét, ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 155/2016/NĐ-CP ngày 18/11/2019 quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, trong đó đã sửa đổi, bổ sung nhiều hành vi với mức phạt tiền cao làm căn cứ để xử phạt nghiêm các đối tượng cố tình vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường; ngày 31/12/2019 đã ban hành Thông tư số 25/2019/TT-BTNMT quy định chi tiết một số điều của Nghị định số 40/2019/NĐ-CP. Bên cạnh đó, Bộ đã tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra về môi trường, đặc biệt là công tác thanh tra đột xuất để kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử nghiêm các hành vi vi phạm.

Trong thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tiếp tục nghiên cứu và sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật về bảo vệ môi trường nhằm hoàn thiện hơn nữa các căn cứ pháp lý, đặc biệt là sửa đổi Luật Bảo vệ môi trường để đưa công tác bảo vệ môi trường ngày càng đi vào nề nếp, giảm thiểu tối đa các vi phạm về bảo vệ môi trường.