Cùng với việc trình Chính phủ ban hành Nghị định số 155/2016/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, nâng mức xử phạt đối với các hành vi xả thải vượt QCVN tăng từ 10% đến 50% so với mức cũ, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp chặt chẽ với các Sở Tài nguyên và Môi trường, Ban Quản lý các khu công nghiệp,... đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra và xử lý nghiêm các hành vi vi phạm, đặc biệt là các hành vi xả thải gây ô nhiễm môi trường.

Trong giai đoạn 2016-2018, chỉ tính riêng Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tổ chức thanh tra, kiểm tra tại 1.609 cơ sở và khu công nghiệp, xử phạt vi phạm hành chính các cơ sở có hành vi vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường với số tiền lên đến gần 121.834 tỷ đồng. Trong đó, năm 2016 tiến hành thanh tra 929 cơ sở; xử phạt là 99,265 tỷ đồng; năm 2017 tiến hành thanh tra 425 cơ sở, xử phạt 22,549 tỷ đồng. Năm 2018 tiến hành thanh tra đối với 255 cơ sở theo kế hoạch; đã ban hành quyết định xử phạt với tổng số tiền là 19,944 tỷ đồng.

Đặc biệt, từ năm 2017 đến nay, hoạt động thanh tra được tập trung vào các cơ sở có nguồn thải lớn từ 200 m3/ngày.đêm trở lên. Thông qua công tác thanh tra, kiểm tra đã góp phần nâng cao nhận thức chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường của các doanh nghiệp; số lượng các cơ sở vi phạm, các hành vi vi phạm về xả thải vượt quy chuẩn kỹ thuật có xu hướng giảm. Kết quả thống kê cho thấy tỷ lệ đối tượng được thanh tra, kiểm tra có vi phạm giảm qua các năm, các vi phạm về quản lý chất thải và xả thải vượt quy chuẩn kỹ thuật về chất thải cũng giảm đi đáng kể; vi phạm chủ yếu là các vi phạm hành chính.