Trong thời gian vừa qua, nhằm ngăn chặn tình trạng ô nhiễm môi trường nước của lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt “Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy đến năm 2020” (Đề án) và thành lập Ủy ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy do Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh trên lưu vực làm Chủ tịch luân phiên. Năm 2018, đã tổ chức họp Ủy ban và chuyển giao chức vụ cho Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình. Ủy ban cũng đã thống nhất các giải pháp trong thời gian tới như sau:

Đối với nước thải sản xuất công nghiệp: Tổ chức thanh tra, kiểm tra, giám sát chặt chẽ các nguồn xả thải từ các hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ trên lưu vực sông. Các khu công nghiệp và các nguồn thải lớn từ 1000 m3 trở lên nằm ngoài khu công nghiệp phải tổ chức quan trắc tự động liên tục, truyền số liệu về cơ quan quản lý nhà nước để giám sát.

Đối với nước thải làng nghề: Chính phủ đã phê duyệt Đề án bảo vệ môi trường làng nghề trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy.

Thống kê và kiểm soát chặt chẽ các nguồn xả nước thải chính trên lưu vực sông; tập trung đối với các cơ sở có lưu lượng xả thải từ 200 m3/ngày.đêm trở lên; thanh tra, kiểm tra, cưỡng chế tuân thủ pháp luật về bảo vệ môi trường, kiên quyết xử lý các trường hợp vi phạm, kể cả biện pháp đình chỉ hoặc đóng cửa.

Nhiều dự án và giải pháp cải tạo, khắc phục ô nhiễm và cải thiện chất lượng nước các lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy đã được Bộ Xây dựng, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các Bộ có liên quan đồng thời triển khai như: Quy hoạch hệ thống thoát nước và xử lý nước thải khu vực dân cư, khu công nghiệp trên lưu vực sông Nhuệ - Đáy; Quy hoạch quản lý chất thải rắn lưu vực sông Nhuệ - Đáy; xây dựng và trình Chính phủ dự án bổ cập nước sông Hồng vào sông Nhuệ - sông Đáy để điều tiết nước sông Nhuệ - sông Đáy; đồng thời, phối hợp với các địa phương trên lưu vực triển khai các hạng mục đầu tư nạo vét, chỉnh trang, nâng cấp sửa chữa hệ thống đê, cống, trạm bơm trên lưu vực theo lộ trình tại Quyết định số 937/QĐ-TTg ngày 01/7/2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Quy hoạch tiêu nước hệ thống sông Nhuệ; đề xuất các dự án, nhiệm vụ về bảo vệ môi trường lưu vực sông, trong đó có các dự án về xử lý nước thải đô thị và làng nghề trên sông Nhuệ - sông Đáy vào Chương trình mục tiêu về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường giai đoạn 2016-2020...

Tuy nhiên, chất lượng môi trường nước sông Nhuệ - sông Đáy vẫn tiếp tục bị ô nhiễm, đặc biệt đáng báo động đối với các đoạn sông chảy qua các đô thị. Nguyên nhân là do nguồn thải từ các làng nghề, cơ sở sản xuất dịch vụ; nước thải sinh hoạt từ các đô thị chưa được xử lý, vẫn tiếp tục đổ ra sông. Trong thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường và các Bộ, địa phương có liên quan tiếp tục tham mưu Chính phủ, như sau:

Về chính sách: Tiếp tục hoàn thiện cơ chế chính sách pháp luật về bảo vệ môi trường theo nguyên tắc người gây ô nhiễm phải trả tiền; giao trách nhiệm chủ trì việc xử lý ô nhiễm, cải tạo phục hồi môi trường cho địa phương có tỷ trọng nguồn thải lớn nhất đổ ra lưu vực là thành phố Hà Nội;

Có phương án xử lý các nguồn thải tập trung, ô nhiễm phức tạp, nhất là  các làng nghề; phương án xử lý nước thải sinh hoạt phù hợp theo mô hình tập trung thu gom bờ sông hoặc mô hình phân tán ở một số khu vực, địa điểm đặc thù;

Đối với Bộ Tài nguyên và Môi trường: (1) Tiếp tục phối hợp với các địa phương giám sát, thanh tra đột xuất đối với tất cả các khu, cụm công nghiệp, các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, làng nghề có lưu lượng nước thải lớn trên lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy, đặc biệt là các cơ sở thuộc ngành nghề có xả nước thải chứa Amoni cao, như: chăn nuôi tập trung, sản xuất phân bón, chế biến thủy hải sản...;  (2) tổng hợp thông tin, số liệu về các nguồn xả nước thải chính trên lưu vực, tỷ lệ thu gom và xử lý nước thải sinh hoạt đô thị, tỷ lệ các khu, cụm công nghiệp có hệ thống xử lý nước thải tập trung, tỷ lệ nước thải từ các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, làng nghề được thu gom, xử lý và đề xuất các giải pháp quản lý; (3) Tiếp tục chủ trì, phối hợp với các Sở Tài nguyên và Môi trường tiến hành quan trắc định kỳ và đột xuất môi trường nước hệ thống sông Nhuệ, sông Đáy và sông Châu Giang.

Đối với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: chủ trì nghiên cứu, điều chỉnh quy trình vận hành hệ thống công trình thủy lợi sông Nhuệ ban hành theo Quyết định số 105/2002/QĐ-BNN ngày 19/11/2002 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông; tiếp tục triển khai các dự án nạo vét, cải tạo hệ thống thủy lợi, công trình tiêu nước tại các trạm bơm…;

Đối với Bộ Xây dựng: chủ trì chỉ đạo, hướng dẫn các tỉnh, thành phố trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy trong việc xây dựng cơ chế chính sách thu hút đầu tư, đẩy nhanh tiến độ triển khai các dự án thoát nước và xử lý nước thải sinh hoạt đô thị.

Đối với Ủy ban nhân dân các tỉnh thuộc lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy: (1) chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường phối hợp với Tổng cục Môi trường - Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức quan trắc môi trường nước các sông trên địa bàn; (2) Chỉ đạo rà soát các nguồn xả nước thải trên địa bàn ra hệ thống sông Nhuệ - sông Đáy; đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra và xử lý nghiêm các khu, cụm công nghiệp, các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, làng nghề xả nước thải không đạt quy chuẩn cho phép trực tiếp ra sông Nhuệ - sông Đáy trên địa bàn.