Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã và đang từng bước nâng cao chất lượng của công tác thanh tra, kiểm tra để phát hiện kịp thời và xử lý nghiêm các hành vi gây ô nhiễm môi trường. Đối với các hành vi vi phạm gây hậu quả nghiêm trọng đến mức phải xử lý hình sự theo quy định của Bộ luật Hình sự và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Bộ luật Hình sự (Chương XIX từ Điều 235 đến Điều 246) thì sẽ được chuyển hồ sơ cho cơ quan cảnh sát điều tra để thực hiện việc điều tra, truy tố theo quy định của pháp luật. 

Bao gồm: Điều 235. Tội gây ô nhiễm môi trường; Điều 236. Tội vi phạm quy định về quản lý chất thải nguy hại; Điều 237. Tội vi phạm quy định về phòng ngừa, ứng phó, khắc phục sự cố môi trường; Điều 238. Tội vi phạm quy định về bảo vệ an toàn công trình thủy lợi, đê điều và phòng, chống thiên tai; vi phạm quy định về bảo vệ bờ, bãi sông; Điều 239. Tội đưa chất thải vào lãnh thổ Việt Nam; Điều 240. Tội làm lây lan dịch bệnh truyền nhiễm nguy hiểm cho người; Điều 241. Tội làm lây lan dịch bệnh nguy hiểm cho động vật, thực vật; Điều 242. Tội hủy hoại nguồn lợi thủy sản; Điều 243. Tội hủy hoại rừng; Điều 244. Tội vi phạm quy định về quản lý, bảo vệ động vật nguy cấp, quý, hiếm; Điều 245. Tội vi phạm các quy định về quản lý khu bảo tồn thiên nhiên; Điều 246. Tội nhập khẩu, phát tán các loài ngoại lai xâm hại.

Những hành vi vi phạm gây hậu quả chưa đến mức phải xử lý hình sự thì mới bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định của Nghị định số 155/2016/NĐ-CP ngày 18/11/2016 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.