Để bảo vệ nguồn tài nguyên nước dưới đất, không chỉ Nghị định số 167/2018/NĐ-CP ngày 26/12/2018 của Chính phủ có những quy định liên quan đến các hoạt động thăm dò, khai thác nước dưới đất, mà pháp luật về tài nguyên nước còn có những quy định quản lý nhà nước cụ thể đối với việc cấp phép thăm dò, khai thác nước dưới đất, đăng ký khai thác nước đất, giám sát khai thác, sử dụng nước, bảo vệ nguồn nước trong các hoạt động khoan đào, thăm dò, khai thác nước dưới đất, quy hoạch tài nguyên nước… Đối với những khu vực nước mặt bị nhiễm mặn và xâm nhập mặn kéo dài như Đồng bằng Sông Cửu Long thì nguồn nước dưới đất có vai trò rất quan trọng để khai thác, phục vụ các nhu cầu sử dụng nước cho sinh hoạt, sản xuất của nhân dân, doanh nghiệp. Tuy nhiên, việc khai thác nước dưới đất phải đảm bảo không được vượt quá ngưỡng giới hạn khai thác, đảm bảo các quy định để bảo vệ nguồn nước dưới đất. Với tình trạng khoan giếng tự phát quy mô nhỏ, lẻ, thiếu quy hoạch để khai thác nước dưới đất của các hộ gia đình như hiện nay ở Đồng bằng Sông Cửu Long sẽ dẫn đến nguy cơ gây xâm nhập mặn vào các tầng chứa nước, do đó cần sớm thực hiện việc khoanh định các vùng hạn chế khai thác nước dưới đất, trên cơ sở đó xác định các khu vực có khả năng khai thác để thăm dò, đánh giá trữ lượng nước dưới đất và xây dựng các công trình khai thác nước tập trung để cấp nước cho các cụm dân cư phục vụ sinh hoạt, sản xuất.
Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tổ chức lập quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Cửu Long, trong đó sẽ có các giải pháp quy hoạch vùng, xác định các khu vực có khả năng khai thác nước dưới đất; đôn đốc các địa phương sớm khoanh định, công bố danh mục các khu vực hạn chế khai thác nước dưới đất; đề nghị các địa phương đưa nội dung quy hoạch tài nguyên nước vào quy hoạch tỉnh… để đảm bảo cân đối việc khai thác, sử dụng nguồn nước hợp lý, đáp ứng mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội gắn liền với việc bảo vệ tài nguyên nước theo tinh thần Nghị quyết số 120/NQ-CP của Chính phủ về phát triển bền vững vùng Đồng bằng Sông Cửu Long thích ứng với biến đối khí hậu.