Nguồn nước dưới đất vùng Đồng bằng Sông Cửu Long có vai trò rất quan trọng để phục vụ cấp nước cho sinh hoạt cho nhân dân và phục vụ sản xuất để phát triển kinh tế xã hội. Tuy nhiên, do việc khai thác chưa hợp lý, chưa được kiểm soát chặt chẽ, thiếu quy hoạch dẫn đến nguồn nước dưới đất tại một số khu vực vùng Đồng bằng Sông Cửu Long đã bị hạ thấp mực nước quá mức, đặc biệt là tại các khu vực đô thị đã gây ra tình trạng xâm nhập mặn, sụt lún bề mặt đất.

Bộ Tài nguyên và Môi trường đã có nhiều giải pháp nhằm tăng cường công tác quản lý, bảo vệ tài nguyên nước dưới đất, cụ thể: Bộ đã ban hành các Thông tư số 47/2017/TT-BTNMT ngày 27/11/2017 quy định về giám sát khai thác, sử dụng tài nguyên nước (trong đó có việc quan trắc, giám sát đối với các công trình khai thác, sử dụng nước dưới đất); Thông tư số 72/2017/TT-BTNMT ngày 29/12/2017 quy định về xử lý, trám lấp giếng khoan không sử dụng; Thông tư số 75/2017/TT-BTNMT ngày 29/12/2017 quy định bảo vệ nước dưới đất trong các hoạt động khoan, đào, thăm dò, khai thác nước dưới đất. Đặc biệt, Bộ đã trình Chính phủ ban hành Nghị định số 167/2018/NĐ-CP ngày 26/12/2018 quy định việc hạn chế khai thác nước dưới đất, trong đó quy định cụ thể nguyên tắc khoanh định và áp dụng các biện pháp hạn chế khai thác nước dưới đất; quy định việc phân loại các vùng hạn chế khai thác nước dưới đất; quy định cụ thể phạm vi khoanh định các khu vực hạn chế và tổng hợp thành các vùng hạn chế khai thác; quy định các hình thức, biện pháp hạn chế khai thác sẽ được áp dụng đối với từng đối tượng khai thác trong từng loại vùng hạn chế khai thác; quy định trình tự thực hiện việc khoanh định, lập Danh mục và Bản đồ phân vùng hạn chế khai thác nước dưới đất; quy định trình tự, thủ tục lấy ý kiến, thẩm định, phê duyệt, công bố Danh mục và Bản đồ phân vùng hạn chế khai thác nước dưới đất; quy định trình tự lập, tổ chức lấy ý kiến, phê duyệt Phương án tổ chức thực hiện việc hạn chế khai thác nước dưới đất và tổ chức thực hiện Phương án sau khi được phê duyệt... nhằm kiểm soát, hạn chế khai thác nước dưới đất đối với các khu vực nguồn nước dưới đất có nguy cơ bị suy thoái, cạn kiệt.

Nghị định số 167/2018/NĐ-CP của Chính phủ cũng quy định trách nhiệm của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh là chỉ đạo tổ chức việc khoanh định, thẩm định, phê duyệt, công bố Danh mục, Bản đồ phân vùng hạn chế khai thác nước dưới đất trên địa bàn tỉnh; phê duyệt Phương án tổ chức thực hiện việc hạn chế khai thác nước dưới đất trên địa bàn tỉnh và chỉ đạo tổ chức thực hiện sau khi Phương án được phê duyệt.

Ngoài ra, Bộ cũng đang chỉ đạo triển khai thực hiện Đề án Chính phủ bảo vệ nước dưới đất các đô thị lớn (trong đó có một số đô thị tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long như: Cần Thơ, Mỹ Tho - Tiền Giang) và Đề án điều tra, đánh giá việc khai thác, sử dụng nước dưới đất, tác động đến sụt lún bề mặt đất khu vực thành phố Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Đồng bằng sông Cửu Long, định hướng quản lý, khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên nước dưới đất, trong đó một trong những mục tiêu của Đề án là đánh giá tác động của việc khai thác nước dưới đến sụt lún bề mặt đất, trên cơ sở đó đề xuất định hướng quản lý, khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên nước dưới đất, giảm thiểu tác động đến sụt lún bề mặt đất.