Trường hợp cấp Giấy chứng nhận lần đầu: Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan tài nguyên và môi trường trong trường hợp được ủy quyền cấp Giấy chứng nhận cho tổ chức, cơ sở tôn giáo; người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện dự án đầu tư; tổ chức nước ngoài có chức năng ngoại giao; Ủy ban nhân dân cấp huyện cấp Giấy chứng nhận cho hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sở hữu nhà ở gắn liền với quyền sử dụng đất ở tại Việt Nam.

Trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận mà người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất thực hiện quyền hoặc cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận thì thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận là cơ quan tài nguyên và môi trường.

Việc cấp Giấy chứng nhận lần đầu cần xem xét cụ thể nguồn gốc, thời điểm sử dụng đất, quá trình quản lý sử dụng đất nên quy định thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận trong trường hợp này do cơ quan hành chính nhà nước thực hiện là phù hợp nhằm xác lập quyền sử dụng đất ban đầu cho người sử dụng đất. Đối với trường hợp cấp Giấy chứng nhận khi người sử dụng đất thực hiện quyền hoặc cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận: Các trường hợp này đã được cấp giấy chứng nhận lần đầu - đã một lần được cơ quan hành chính nhà nước xác lập quyền ban đầu thông qua việc cấp Giấy chửng nhận, do đó không nên giao cơ quan hành chính nhà nước thực hiện một lân nữa để tránh áp lực lên bộ máy hành chính Nhà nước. Vì vậy, trường hợp này quy định giao cho cơ quan tài nguyên và môi trường thực hiện là phù hợp.

Do đó, việc quy định thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận chỉ do một cơ quan là cơ quan đại diện của chính quyền địa phương thực hiện là không phù họp, đồng thời sẽ dẫn đên sự quá tải cho một cơ quan, làm chậm quá trình giải quyết thủ tục cho người dân.