Mặc dù đạt được nhiều kết quả quan trọng nhưng công tác quản lý tài nguyên và môi trường vẫn còn một số tồn tại hạn chế, như: Tiến độ xây dựng một số văn bản pháp luật vẫn còn chậm, nhiều địa phương chưa chủ động trong việc ban hành các văn bản theo thẩm quyền để xử lý các công việc tại địa phương cho phù hợp với quy định và thực tiễn; Công tác quản lý tài nguyên và bảo vệ môi trường vẫn còn là vấn đề bức xúc ở một số nơi. Khiếu kiện về đất đai tuy có giảm nhưng vẫn còn là vấn đề phức tạp ở nhiều địa phương. Công tác quản lý, cấp phép hoạt động khoáng sản còn nhiều tồn tại, đặc biệt là khai thác khoáng sản gắn với bảo vệ môi trường; Nguồn lực tài nguyên và môi trường chưa được phát huy đầy đủ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội theo hướng bền vững của đất nước; Công tác cải cách hành chính đã được quan tâm đẩy mạnh nhưng vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu; việc thực hiện kỷ cương, kỷ luật hành chính của một số cán bộ, công chức, viên chức, người lao động có nơi, có lúc, có việc còn chưa nghiêm.

Những tồn tại hạn chế trên có nguyên nhân khách quan và nguyên nhân chủ quan, trong đó:

Nguyên nhân khách quan là do một số lĩnh vực quản lý của Bộ mang tính lịch sử, nhạy cảm, liên quan trực tiếp đến quyền và lợi ích của người dân, đến yêu cầu của phát triển kinh tế, trong khi đó các nguồn lực chưa đáp ứng được yêu cầu.

Nguyên nhân chủ quan là do chính sách pháp luật về quản lý tài nguyên và môi trường đang trong quá trình hoàn thiện, do đó vẫn còn có điểm chồng chéo và chưa theo kịp quá trình phát triển của thực tiễn. Đội ngũ cán bộ chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Nguồn vốn đầu tư cho công tác điều tra cơ bản còn hạn chế. Hệ thống thanh tra kiểm tra, giám sát các hoạt động về tài nguyên, môi trường chưa được thực hiện một cách đồng bộ; chưa có chế tài và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm trong hoạt động tài nguyên, bảo vệ môi trường. Một số địa phương còn quá chú trọng tăng trưởng kinh tế, hiệu quả trước mắt, dẫn đến khai thác, sử dụng tài nguyên quá mức, thiếu bền vững, môi trường bị ô nhiễm; nhận thức về biến đổi khí hậu và tác động của biến đổi khí hậu đối với nước ta còn chưa đầy đủ;...

Bài học kinh nghiệm được đúc rút từ giai đoạn 2016-2020 sẽ là những tiền đề cơ bản cho sự phát triển của Ngành trong giai đoạn tới.

Một là, chủ động và tăng cường phối hợp với các Bộ, ngành và địa phương, hình thành cơ chế khuyến khích các Bộ, ngành tham gia xây dựng văn bản chính sách, pháp luật trong ngành tài nguyên và môi trường.

Hai là, tăng cường công tác xây dựng, điều hành thực hiện kế hoạch bám sát thực tiễn, quyết liệt, không rập khuôn, máy móc nhằm đạt mục tiêu đề ra. Đầu tư có trọng điểm, trọng tâm đối với các dự án đã được định hướng rõ trong Chiến lược, quy hoạch, đảm bảo cân đối đủ vốn cho các dự án theo yêu cầu tiến độ. Huy động và đa dạng hóa nguồn vốn để triển khai thực hiện các dự án, nhiệm vụ của Bộ đạt hiệu quả.

Ba là, nâng cao vai trò của người dân trong việc xây dựng và giám sát thực hiện kế hoạch và các chính sách trong ngành tài nguyên và môi trường. Tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra tình hình thực hiện các nhiệm vụ của Bộ; tình hình thực thi các quy định của pháp luật tại địa phương.

Bốn là, chú trọng công tác thu thập thông tin, dữ liệu về tài nguyên và môi trường đảm bảo độ tin cậy và cập nhật, cơ chế quản lý, chia sẻ thông tin phục vụ cho các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo quốc phòng an ninh.