Ở Trung ương, đã sắp xếp lại toàn diện tổ chức bộ máy của Bộ Tài nguyên và Môi trường và Tổng cục Môi trường theo Nghị định số 36/2017/NĐ-CP ngày 04/4/2017 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài nguyên và Môi trường và Quyết định số 15/2018/QĐ-TTg ngày 12/3/2018 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Môi trường trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường. Thực hiện Nghị quyết số 09/NQ-CP của Chính phủ về thống nhất quản lý nhà nước về chất thải rắn, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Chỉ thị về một số giải pháp cấp bách tăng cường quản lý chất thải rắn tại Tờ trình số 27/TTr-BTNMT ngày 20/7/2020, trong đó đã giao nhiệm vụ cho Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì triển khai các nhiệm vụ về quản lý chất thải rắn trên phạm vi cả nước; đồng thời, đưa các quy định về chức năng nhiệm vụ thống nhất quản lý chất thải rắn trên phạm vi cả nước của Bộ Tài nguyên và Môi trường vào dự thảo Luật Bảo vệ môi trường (sửa đổi).

Hiện nay, do hạn chế về chỉ tiêu biên chế và do thực hiện tinh giản bộ máy tổ chức, nên một số ủy ban nhân dân tỉnh đã chuyển đổi mô hình tổ chức từ Chi cục Bảo vệ môi trường thành Phòng môi trường, hoặc có tỉnh đã sáp nhập Chi cục Bảo vệ môi trường với tổ chức trực thuộc khác hoặc giao thêm chức năng nhiệm vụ về quản lý tài nguyên nước, khí hậu thủy văn, ... Việc thay đổi về tổ chức như vậy là chưa phù hợp với quá trình phát triển; tạo tỷ lệ nghịch giữa nhiệm vụ bảo vệ môi trường thì ngày càng phức tạp, mà tổ chức và nhân lực thì bị bó hẹp hơn so với trước, dẫn đến năng lực ứng phó với các vấn đề môi trường sẽ khó khăn nếu như các sự cố môi trường xảy ra. Đối với lĩnh vực bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học, hiện nay, hầu hết các địa phương chưa thành lập Phòng hay phân công cán bộ kiêm nhiệm cho công tác bảo tồn đa dang sinh học, các hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học tại địa phương hầu hết được hiểu, phân công cho đơn vị quản lý rừng. Vì vậy, đòi hỏi cần phải có tổ chức bộ máy mang tính chuyên sâu hơn nữa để có thể tham mưu, triển khai hiệu quả chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về bảo tồn thiên nhiên từ Trung ương đến địa phương.

Bên cạnh đó, Uỷ ban nhân dân một số tỉnh đã chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường phối hợp với Sở Nội vụ và Ủy ban nhân dân các huyện, thị xã và thành phố thuộc tỉnh (sau đây gọi tắt là huyện) rà soát lại công tác tổ chức cán bộ ngành môi trường trên địa bàn để sắp xếp cán bộ, kể cả cán bộ hợp đồng tại cấp xã thực hiện nhiệm vụ quản lý môi trường (Lào Cai, Hà Giang); triển khai xây dựng Đề án nâng cao năng lực công tác BVMT đến năm 2025 (Cà Mau); ban hành Quy định về phân công, phân cấp trách nhiệm quản lý nhà nước về BVMT phù hợp với quy định của pháp luật về BVMT (Bình Thuận, Hà Giang).

Qua nghiên cứu mô hình tổ chức bộ máy của các nước trên thế giới cho thấy, mô hình tổ chức bộ máy quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường hiện nay chưa đáp ứng với yêu cầu công tác quản lý nhà nước về BVMT ngày càng lớn và phức tạp, đòi hỏi thời gian tới phải nghiên cứu hình thành hệ thống tổ chức bộ máy theo ngành dọc hoặc nghiên cứu thành lập cơ quan quản lý nhà nước về môi trường cấp Bộ với chức năng nhiệm vụ tương xứng với các vấn đề thực tiễn của đất nước (nhiều nước trên thế giới có mô hình cơ quan Bộ quản lý chuyên ngành về môi trường[1] hoặc cơ quan môi trường có hệ thống ngành dọc từ Trung ương đến địa phương).

Tổng số cán bộ, công chức, viên chức của toàn ngành làm việc trong đơn vị quản lý hành chính nhà nước và đơn vị sự nghiệp là 5.622 người tính đến cấp huyện. Ở Trung ương có 507 người; ở cấp tỉnh có 2.901 người, cấp huyện có 2.214 người. Ở cấp xã chưa có công chức chuyên trách về quản lý môi trường.

Về số lượng biên chế, số cán bộ làm công tác quản lý nhà nước về môi trường ở nước ta hiện nay còn thấp hơn so với mặt bằng chung của các nước trong khu vực cũng như trên thế giới. Hiện nay, tỷ lệ cán bộ làm công tác quản lý nhà nước về môi trường ở nước ta là 24 người/1 triệu dân, trong khi tỷ lệ này của các nước trên thế giới cao hơn nhiều, cụ thể: Thái Lan là 42 người, Campuchia là 55 người, Malaysia là 100 người, Singapore là 330 người, Trung Quốc là 40 người, Canađa là 155 người, Anh là 204 người.