Bộ luôn chỉ đạo các đơn vị thuộc Bộ, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các tổ chức, cá nhân có hoạt động kinh doanh, khai thác, chế biến khoáng sản gây ô nhiễm môi trường nghiêm túc thực hiện các quy định về bảo vệ môi trường trong Luật Bảo vệ môi trường, Luật Khoáng sản. Hàng năm, Bộ tiến hành các đoàn thanh tra, kiểm tra tiến độ triển khai các dự án khai thác khoáng sản; công tác quản lý, khai thác khoáng sản tại các địa phương. Việc thanh tra, kiểm tra tập trung vào: việc tuân thủ pháp luật đối với vấn đề bảo vệ môi trường tại các địa phương; việc tuân thủ nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường, Đề án cải tạo, phục hồi môi trường được phê duyệt; công tác quản lý chất thải, chất thải nguy hại; hành vi xả nước thải đối với các loại hình khai thác khoáng sản do Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp phép; công tác ký quỹ và cải tạo, phục hồi môi trường;....

Hiện nay, công tác cấp phép hoạt động khoáng sản của Bộ tiếp tục được thực hiện chặt chẽ, đúng quy định của pháp luật về khoáng sản, nhất là sự phối hợp với các địa phương rà soát khu vực cấm, tạm thời cấm hoạt động khoáng sản trước khi cấp phép, triển khai Chỉ thị số 02/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc tăng cường công tác quản lý Nhà nước đối với các hoạt động thăm dò, khai thác, chế biến, sử dụng và xuất khẩu khoáng sản, đã kịp thời giải quyết những vướng mắc, khắc phục những tồn tại, hạn chế trong quản lý về khoáng sản và đưa hoạt động khoáng sản vào nền nếp, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả trong công tác quản lý Nhà nước về khoáng sản. Cho đến thời điểm hiện nay công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật đã cơ bản đáp ứng yêu cầu quản lý hoạt động khoáng sản và tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp hoạt động, bảo vệ môi trường trong hoạt động khoáng sản; các hoạt động khoáng sản đã đi vào nền nếp; đã cơ bản kiểm soát được việc chấp hành các quy định về môi trường trong khai thác, chế biến khoáng sản; Công tác quản lý hoạt động khoáng sản tại các địa phương đã được chấn chỉnh, cơ bản đáp ứng yêu cầu về quy hoạch khoáng sản, bảo vệ môi trường, bảo vệ khoáng sản chưa khai thác, khoanh định khu vực cấm, tạm thời cấm hoạt động khoáng sản.

Trong thời gian tới, Bộ tiếp tục đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra hoạt động thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản; tổ chức các đoàn thanh tra, kiểm tra tiến độ triển khai các dự án khai thác khoáng sản; công tác quản lý, khai thác khoáng sản tại các địa phương. Việc thanh tra, kiểm tra tập trung vào: việc tuân thủ pháp luật đối với vấn đề bảo vệ môi trường tại các địa phương; việc tuân thủ nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường, Đề án cải tạo, phục hồi môi trường được phê duyệt; công tác quản lý chất thải, chất thải nguy hại; hành vi xả nước thải đối với các loại hình khai thác khoáng sản do Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp phép; công tác ký quỹ và cải tạo, phục hồi môi trường.