Hiện vẫn còn 18% diện tích vùng biển chưa được lập hải đồ, bản đồ. Phần lớn diện tích vùng biển nông dưới 100 m nước (xấp xỉ 75% diện tích) cũng như 100% diện tích các vùng biển sâu, xa bờ (trên 100 m nước) chưa được điều tra địa chất khoáng sản biển. Các số liệu điều tra, nhìn chung, chưa đồng bộ, chưa cung cấp đủ các thông tin theo chuỗi thời gian nên việc sử dụng để đánh giá xu thế biến động rất khó khăn.

Trong khi đó, ô nhiễm môi trường biển do chất thải nhựa đang là vấn đề lớn hiện nay. Quản lý hoạt động nhận chìm ở biển là hoạt động khó khăn, đặc biệt là việc giám sát các hoạt động nhận chìm sau khi chủ đầu tư được cấp phép. Các tổ giám sát hoạt động nhận chìm hoạt động chưa thực sự hiệu quả.

 Hoạt động quan trắc, giám sát môi trường biển chưa được thực hiện đồng bộ, thống nhất. Hoạt động quan trắc môi trường hiện nay chủ yếu được thực hiện ở vùng ven bờ (thuộc mạng lưới quan trắc quốc gia) và chủ yếu là số liệu về nước biển ven bờ, số liệu về trầm tích biển ven bờ và nước biển xa bờ nghèo nàn, số liệu về trầm tích biển xa bờ không có. Các số liệu quan trắc này hiện tại do các Trung tâm quan trắc thuộc Tổng cục Môi trường quản lý và việc chia sẻ dữ liệu gặp nhiều khó khăn.